短程分子蒸餾儀是在高真空下蒸餾的一種方法。蒸汽分子的平均自由程大于蒸發表面與冷凝表面之間的距離。因此，液體中各組分的蒸發速率的差異可以用來分離液體混合物。在一定的溫度下，氣體分子的壓力和平均值越低。自由之旅越大。當蒸發空間的壓力非常低(10-2～10-4毫米汞柱)，冷凝表面接近蒸發表面時，蒸發表面之間的垂直距離小于氣體分子的平均自由程，和蒸發的汽化蒸氣分子。表面不能與其他分子發生碰撞，直接到達冷凝表面并冷凝。短距離蒸餾器也適用于分子蒸餾。分子流直接從加熱表面到冷凝器的表面。

　　分子蒸餾的過程可分為四個步驟：

　　1、分子從液體到蒸發表面的擴散

　　一般來說，液相擴散速率是控制分子蒸餾速度的主要因素，因此應減小液體層的厚度，加強液體層的流動。

　　2、分子在液體層表面的自由蒸發

　　蒸發速率隨溫度的升高而升高，但分離系數有時隨溫度的升高而降低。因此，應根據加工材料的熱穩定性選擇經濟合理的蒸餾溫度。

　　3、分子從蒸發表面飛到冷凝表面。

　　蒸汽分子在向冷凝表面蒸發的過程中可能相互碰撞，并可能與留在兩側的空氣分子發生碰撞。因為汽化分子比空氣分子重得多，而且它們中的大部分分子具有相同的運動方向，它們自身的碰撞對飛行的方向和蒸發速率幾乎沒有影響。殘余分子在兩側都處于混沌運動狀態，因此殘余分子的數量是影響蒸發方向和速度的主要因素。

　　4、分子在凝聚表面上凝結。

　　只要冷熱兩側有足夠的溫差(一般為70～100℃)，冷凝表面是合理的，光滑的，可以認為冷凝步驟可以瞬間完成，因此選擇合理的形式是非常重要的。